在加盟清华之前，李菂教授是中国科学院国家天文台二级研究员。李菂教授从2008年起任FAST（中国天眼）项目科学家、2018年至今担任FAST首席科学家，主要从事天体物理及空间科学方面的研究，是国际著名的射电天文学家。在河内恒星形成的观测研究、射电天文仪器和技术、天体化学和光谱学、脉冲星搜索及快速射电暴、数据分析算法等方面作出了重要的原创性贡献。
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