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1992年他当选中国科学院学部主席团执行主席。他领导中国科学院实行改革，以解决科技与经济、科技与教育相脱节的问题，使原有封闭、不流动的科研体制转变为开放、流动、联合、竞争的新体制，坚持科学技术必须面向经济建设，经济建设必须依靠科学技术的办院方针，促进科研与生产的结合；实行“一院两制”，促进科技成果转化为生产力；倡导科学院与高校的结合，创造科研人才脱颖而出的激励机制和竞争机制；对探索科学技术本身的规律、科技体制改革和对外开放等，均有重要的理论贡献。国际科学界对他的科研成果和科技工作给予高度评价，被第三世界科学院、美国科学院、俄罗斯科学院、欧洲科学院等11个国家和地区科学院选为外籍院士，是中国科学家中当选为外国院士最多者。他发表了《极化核子反应的相对理论》《赝矢量流部分守恒》《静质量为零的极化核子的反应》等80多篇论文，在国内外产生了较大影响。
一些韩国民众觉得，李在明很有个人魅力，“是改变韩国现状的希望”。但也有人认为，他是一个“颇有争议”的政治人物。近年来，李在明涉嫌贪腐、渎职、受贿等多项罪名，并一度受其家人的丑闻风波影响。
被网友称作“恐龙院士”的徐星也提到，不久前，他与科普大V“无穷小亮”带着600多万网友“云逛”中国古动物馆(保定自然博物馆)。“一次逛博物馆的直播能有数百万人观看，这是我从未想过的体量，也证明了善用新工具、新形式，可以让科学触达更多人。”
