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1979年8月，周光召同志兼任中国科学院理论物理研究所研究员。1980年当选为中国科学院学部委员（院士）。1982年9月任中国科学院理论物理研究所副所长，1983年7月任所长。他指导和带领中青年理论物理学家在相互作用力的统一、电荷－宇称对称性破坏、量子场论的大范围拓扑性质等方面开展了系统性研究。在国际上首先得到规范不变有效作用量子“反常”项的正确形式和拓扑起源，给出了广义陈－西蒙斯拓扑特征类的简单推导及其物理应用。在统计物理和凝聚态物理方面，他与合作者一起发展了描述非平衡态统一理论的闭路格林函数方法，提出了一套有效的理论描述方案，并成功地应用到激光、等离子体、临界动力学等领域。
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周光召同志具有坚定的共产主义信念，始终同党中央保持高度一致。他坚持学习马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想，自觉把马克思主义世界观和方法论运用到领导工作和科研工作中。他作为我国科技界的卓越领导人，开拓性地推进我国科技体制改革，提出了许多关于科技发展的重大创新举措，为我国科技事业的发展作出重大贡献。他坚持原则、顾全大局，谦虚谨慎、严于律己，治学严谨、求真务实，作风民主、团结同志，深受广大科技工作者的尊敬和爱戴。