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1984年3月，周光召同志任中国科学院副院长。1987年1月至1997年7月任中国科学院院长、党组书记。其间，1992年4月起任中国科学院学部主席团执行主席。他坚持实事求是、遵循科学规律，为改革开放形势下中国科学院的改革发展作出重大贡献，对我国科学技术事业的发展产生了重要影响。他提出“把主要力量动员和组织到为国民经济和社会发展服务的主战场，同时保持一支精干力量从事基础研究和高技术创新”的办院方针，领导实行了“一院两种运行机制”。他倡导建立了面向全国青年科技工作者的中国科学院科学基金，以学部名义提出了建立国家自然科学基金的建议。他率先在中国科学院实行开放实验室（研究所）制度，为国家重点实验室体系的建立提供了实践基础。他领导建成了我国第一座高能加速器－北京正负电子对撞机，开拓了我国大科学工程和大科学研究事业。他参与组织实施了黄淮海平原中低产地区综合治理与农业开发项目，为大幅增加我国粮食产量发挥了重要作用。他鼓励、支持科技人员创办高新技术企业，为中关村地区成为我国高新技术产业发展的源头和聚集地作出重要贡献。他领导中国科学院在全国科研机构率先实行竞争择优的新型人事制度，推出针对优秀青年科技人才的特批制度，实施中国科学院“百人计划”，为解决科技人才断层问题作出重要贡献。他推动建立规范化的院士增选制度，为学部工作的规范化、制度化建设作出开拓性贡献，并为中国工程院的成立发挥了重要作用。
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