马杰主持国家自然科学基金优秀青年基金、重大研究计划培育项目、面上项目等国家级科研项目。他在Phys. Rev. A, Appl. Phys. Lett., Opt. Lett.和J. Chem. Phys.等刊物上发表论文40余篇，还曾获国家发明专利7项，以副主译身份翻译《冷分子：理论、实验及应用》论著一部，并曾获山西省科学技术奖自然科学类一等奖。
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