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随后，第二次青藏科考队十大任务负责人分别发布了各个任务面向世界科技前沿和国家战略需求的共计30项重大成果。这些成果共同支撑了第二次青藏科考标志性科学工程的构建。
1992年他当选中国科学院学部主席团执行主席。他领导中国科学院实行改革，以解决科技与经济、科技与教育相脱节的问题，使原有封闭、不流动的科研体制转变为开放、流动、联合、竞争的新体制，坚持科学技术必须面向经济建设，经济建设必须依靠科学技术的办院方针，促进科研与生产的结合；实行“一院两制”，促进科技成果转化为生产力；倡导科学院与高校的结合，创造科研人才脱颖而出的激励机制和竞争机制；对探索科学技术本身的规律、科技体制改革和对外开放等，均有重要的理论贡献。国际科学界对他的科研成果和科技工作给予高度评价，被第三世界科学院、美国科学院、俄罗斯科学院、欧洲科学院等11个国家和地区科学院选为外籍院士，是中国科学家中当选为外国院士最多者。他发表了《极化核子反应的相对理论》《赝矢量流部分守恒》《静质量为零的极化核子的反应》等80多篇论文，在国内外产生了较大影响。
周光召院士在中国第一颗原子弹和氢弹的理论设计中作出重大贡献；与合作者一道获1982年国家自然科学一等奖；撰有《极化核子反应的相对理论》《膺轴矢流部分守恒》《静质量为零的极化核子的反应》等论文80多篇。
