具体来看，衢州共有陆生高等植物3163种、哺乳动物63种、鸟类355种、两栖动物42种、爬行动物78种、昆虫4542种、淡水鱼类166种、大型真菌1027种；共记录国家重点保护野生动植物147种，受威胁物种123种，浙江省重点保护野生动植物131种，其中包括南方红豆杉、黑麂、白颈长尾雉、黄腹角雉等国家一级保护野生动植物17种，伯乐树、亚洲黑熊、仙八色鸫、阳彩臂金龟等国家二级保护野生动植物130种。
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